Siedzibą Galerii Krypta u pijarów jest dolny kościół - krypta - pijarskiego kościoła pw. Przemienienia Pańskiego w Krakowie przy ul. Pijarskiej 2.
Powołana w 1997 r. w przededniu przyjazdu do kraju Ojca Świętego Jana Pawła II.
Lokalizacją galerii jest krypta kościoła pijarów, miejsce szczególne, związane historycznie z tradycją wielkiej oprawy Grobu Pańskiego w okresie Wielkiego Tygodnia. Miejsce to znane jest także z wystaw, koncertów, spektakli i wykładów organizowanych przez ruch Kultury Niezależnej. Plan galerii można ściągnąć tutaj.
Od 1998 do końca 2025 galeria zorganizowała 191 wystaw sztuki współczesnej, artystów polskich i europejskich. Artystów, już znanych, uznanych i tych dopiero rozpoczynających swą drogę. Wystaw malarstwa, grafiki, rysunku, rzeźby, instalacji.
Ideą Galerii jest prezentacja wybitnych osobowości i istotnych zjawisk współczesnej sztuki, podejmujących w swym doświadczeniu – praktyce artystycznej – myśli i pytania obecne w chrześcijańskiej przestrzeni duchowej. Galeria prócz prezentacji indywidualnych artystów polskich i zagranicznych może być organizatorem lub współorganizatorem wystaw problemowych, ogólnopolskich i międzynarodowych w salach ekspozycyjnych Krakowa, całego kraju i za granicą. Jest też miejscem, w którym odbywają się również rozliczne koncerty, wykłady i spotkania dyskusyjne.
Rada Programowa Galerii powołana 25 listopada 2025 r. na pięcioletnią kadencję: Tadeusz Boruta, Adam Brincken, Karolina Jakubowska, Eugeniusz Grzywacz, Łukasz Murzyn, Marcin Nosko, Paweł Olchawa, Adam Organisty, Józef Tarnawski, Robert Wolak, Maciej Zychowicz (Przewodniczący).